Отказ возможен, и чаще всего он связан не со злым умыслом налоговиков, а с конкретными ошибками. Разберем несколько популярных оснований для отказа.
Ошибки в счете-фактуре. Самая частая причина. Типичные нарушения — неверные реквизиты, расхождения сумм, нелегитимная подпись — и сумму к возврату по этому документу снимают. Такие споры доходят до суда. Ошибки в первичном документе как основание отказа разбирал, например, Арбитражный суд Поволжского округа (Постановление от 22.12.2023 № Ф06-11239/2023 по делу № А57-26585/2022).
Пропуск трехлетнего срока. Декларацию с суммой НДС к возврату нужно подать не позднее трех лет после окончания соответствующего квартала (п. 2 ст. 173 НК). Это одно из сложных налоговых ограничений: опоздание становится безусловным основанием для отказа, и суды встают на сторону ИФНС. Показательно дело тамбовской теплоэнергетической компании, которая заявила к возмещению 15 485 550,99 рубля за 4 квартал 2020 года, но подала отчетность уже за пределами трехлетнего срока и получила отказ, который подтвердил суд (
дело № А64-11588/2023, Постановление АС Центрального округа от 28.05.2025 № Ф10-1266/2025).
Необоснованная налоговая выгода. Если налоговики увидят признаки схемы или нереальной операции, в возмещении откажут. Подходы ФНС описаны в
Письме от 10.10.2022 № БВ-4-7/13450@. Возврат НДС из бюджета — это законное получение уже уплаченного налога, а не способ «сэкономить» через сомнительные цепочки. Вместе с законным возвратом в виде реального налогового вычета существуют схемы — и инспекция умеет их находить. Попытки получить НДС по фиктивным операциям заканчиваются не выплатой, а доначислениями.
Технические причины. Сюда же относятся разрывы по НДС, которые автоматически выявляет система АСК НДС-2, превышение безопасной доли вычетов (ориентир ФНС около 89%, в регионах могут быть другие), нарушения правил раздельного учета и ошибки в самой отчетности. Каждое из этих нарушений может стать основанием для отказа или дополнительного запроса от ИФНС.
Стоит учитывать и фон в целом. Налоговый контроль ужесточается. По
данным аудиторской практики со ссылкой на отчетность ФНС, за 2025 год выездные проверки почти в 98% случаев заканчивались доначислениями, а средняя сумма доначислений выросла до 94 млн рублей. Это статистика по выездным проверкам в целом, а не по возмещению, но она показывает: проверяют внимательно, и подходить к возврату НДС «на авось» не стоит. Ваша компания может вернуть налог безопасно — если документы чистые и порядок соблюден.